پس از آنکه قشون روس وارد تبريز گرديد ، وي به شهبندري عثماني (قونسولخانه) پناه برد و بالاخره به طهران رهسپار شد. در پايتخت مشروطه پذيرايي گرم و باشکوه از وي به عمل آمد . ستارخان با شاه و نايب السلطنه در يک کالسکه نشسته ، با جلال تمام وارد شهر گشت و در باغ اتابک منزل گرفت .

چون پس از فتح تهران به دست مليون ، احتياجي به وجود مجاهدين نبود و اين جماعت با در دست داشتن اسلحه امنيت پايتخت را متزلزل مي کردند ، دولت مشروطه بر آن شد که اسلحه مجاهدين را جمع کند . مجاهدين تهران به منزل ستارخان سردار ملي جمع شده ، بناي مقاومت را گذاشتند . در نتيجه تيراندازي ها تيري به پاي او اصابت کرد و (بدين گونه پايي که در صحنه هاي آتش و خون دليرانه و بي تزلزل گام زده بود با تير دولت انقلابي از رفتار باز ايستاد و بنا به قول احمد کسروي "بدينسان يگانه قهرمان آزادي از پا درافتاد" - تاريخ هيجده ساله ، ص 143) مجاهدين مغلوب شدند . در اثر آن تير مزاج ستارخان عليل شد . مرگ سردار ملي را عصر روز سه شنبه 25 آبانماه 1293 خورشیدی مطابق به 28 ذيحجه 1332 قمري نوشته اند . سردار هنگام پيوستن به جاودانگي 48 سال داشت . جسم بي روح وي را در مقبره طوطي در جوار بقعه حضرت عبدالعظيم در شهر ري به خاک سپردند . آرامگاه ســـردار تا سال 1324 خورشیدی وضع حقيرانه اي داشت . در اين سال پس از ميتينگ طرفداران پرشور ستارخان بر سر قبر وي ، يک آرامگاه موقتي ساخته شد . ولي يک سال بعد اين آرامگاه با خاک يکسان شد . بعدها به همت اميرخيزي و ديگران ، سنگ قبري براي آرامگاه سردار تهيه شد که به قول سلام الله جاويد "اگر چه لايق آن مرحوم نبوده ، ولي از هيچ بهتر است".

اين بود تاريخ زندگاني پرحادثه مردي که مشروطيت ايران را نجات داده است . در يک خانواده کوچک به دنيا آمد ، در يک محيط فاسد تربيت شد ، در يک ساعت بحراني دست به اسلحه برد . چون مدافع مشروطيت بود او از يک حرکت مترقي دفاع کرد و نامش جاويدان شد .

درباره ستارخان خيلي چيزها نوشته و گفته اند . در خارج از آذربايجان او را به درستي نشناخته اند . در خود آذربايجان نيز چون مردم عادي نمي توانستند بر خود هموار کنند که يک نفر اسب فروش بر يک شهر بلکه بر يک ايالت فرمانروا باشد . درباره او براي کوچک کردن او قصه ها ساختند و پرداختند . اما حقيقت قضيه اينکه وي مردي شجاع و نسبت به مشروطيت صميمي بود و چون از آن دفاع کرده ، قهرمان مشروطيت به شمار رفته است و خالي از ضعف و نقص نبوده است . غير از آن هم نمي شد از وي متوقع بود و جوانمردي هائي هم داشته است .

دو برادر و يک برادرزاده او را سالداتهاي روس به دار زده اند ، يعني در راه مشروطيت قرباني داده است ؛ بنابراين سزاوار احترام است .

فعلاً مجسمه ستارخان در موزه آذربايجان به معرض نمايش بازديد کنندگان گذاشته شده است . و نيز تنديس نيم تنه آن قهرمان آزادي در ورودي نمايشگاه بين المللي تبريز گذاشته شده است